Έχουν περάσει 6 μήνες από τα γεγονότα που διαδραματίζονται στο πρώτο Matrix και η Zion, η μοναδική ελεύθερη πόλη που βρίσκεται στα έγκατα της γης, είναι σε κατάσταση συναγερμού. Οι μηχανές ετοιμάζονται να εξαπολύσουν επίθεση εναντίον της με μοναδικό στόχο την εξόντωση του ανθρωπίνου είδους. Στις δύσκολες ώρες που πλησιάζουν και ενώ η ηγεσία της Zion προετοιμάζεται για την επικείμενη επίθεση, ο Morpheus πιστεύει πως ο πόλεμος θα τελειώσει σύντομα, σύμφωνα με την προφητεία της Oracle, χάρη στο Neo. Εκείνος παρά τις απίστευτες ικανότητές του αναζητά τρόπο δράσης ενώ παράλληλα βασανίζεται από ανεξήγητους εφιάλτες. Το μονοπάτι για τον Morpheus, τον Neo, τη Trinity και τους συντρόφους τους αρχίζει δειλά δειλά να διαφαίνεται, σύμφωνα με τα λεγόμενα της Oracle. Η αποστολή τους όμως αντιμετωπίζει εμπόδια τόσο από τους agents του συστήματος και κάθε λογής επικίνδυνα προγράμματα, όσο και από μία παραφωνία του συστήματος. Ο πρώην πλέον πράκτορας Smith, προσπαθεί με κάθε τρόπο να εκδικηθεί τον Neo ως την αιτία που εκδιώχθηκε από το Matrix. Η πραγματικότητα για τον Εκλεκτό και τους συντρόφους του αποδεικνύεται ρευστή και η μοίρα, η επιλογή και ο στόχος γίνονται έννοιες ασαφείς με αβέβαια κατάληξη...

Αν η πρώτη ταινία αποτελούσε, όπως και ήταν, μία αριστουργηματική πρωτοτυπία, η πρώτη συνέχεια της τριλογίας παίρνει από το χέρι την υπόθεση και παγιώνει το φαινόμενο Matrix ως την καλύτερη ταινία (ή ταινίες αν προτιμάτε) επιστημονικής φαντασίας εδώ και πολλά χρόνια. Το Matrix Reloaded έχει την τύχη να έπεται μίας ολοκληρωμένης ταινίας και να "χτίζει" πάνω σε αυτή κλιμακωτά τη φιλοσοφία ενός απόκοσμα αληθοφανούς κόσμου. Στην ουσία δεν μιλάμε για Matrix 2 αλλά για το Matrix², με την έννοια ότι ο κόσμος των ονείρων που γνωρίσαμε στο πρώτο φιλμ διαφοροποιείται και μας παρουσιάζεται πλέον εις βάθος και πολυδιάστατα. Το ευτύχημα είναι πως οι αδελφοί Wachowski όλα αυτά τα παρουσιάζουν με μαεστρία την κατάλληλη στιγμή, παρόλο που το φινάλε της ταινίας φάνηκε από πολλούς σε πρώτη φάση δυσνόητο (σε αυτό το γεγονός κυρίως οφείλονται οι όποιες φωνές αμφισβήτησης της ταινίας). Από πλευράς σκηνοθεσίας το Reloaded αποτελεί σπουδαίο παράδειγμα μοντέρνας κινηματογραφικής τέχνης έχοντας αξιοποιήσει απόλυτα τόσο τη κληρονομιά που είχε αφήσει παρακαταθήκη το πρώτο μέρος της τριλογίας, όσο και το υψηλότατο (300.000.000 $ για το Matrix Reloaded και το Matrix Revolutions) budget που διατέθηκε. Οι σκηνές μάχης με τη βοήθεια των ειδικών εφέ είναι ενορχηστρωμένες άψογα και αποτελούν μία πρωτότυπη χορογραφία. Αυτά τα προτερήματα δεν φιμώνουν τους χαρακτήρες της ταινίας που χάρη στο σενάριο και τις δεδομένες ικανότητες του καστ, διαδραματίζουν ενεργό ρόλο στα δρώμενα. Παρά το ότι η ταινία δεν ολοκληρώνεται και αφήνει αναπάντητα ερωτήματα για την τρίτη συνέχεια, επιτρέπει ακόμα περισσότερο στη φαντασία του θεατή να πλανάται προς όλες τις κατευθύν